A. 思路创新

B. 实验工程化

C. 交给吉凯好好干活

D. 以上全部 ♪(^∇^*)

言归正传，今天我们就来介绍一篇只做了一步实验就发了5.9分的MCP (Molecular Cell Proteomics)的神作。

朊病毒是是一类能引起哺乳动物和人的中枢神经系统病变的传染性的蛋白质因子，如果感染小脑，则会引起运动机能的损害，导致共济失调；如果感染大脑皮层，则会引起记忆下降。这篇文章就是通过蛋白质组学分析了朊病毒感染人体后，使人脑产生的蛋白层面的变化。

作者选取5例朊病毒脑病患者（1例患库贾氏症(sCJD)、3例致死性家族失眠症(FFI)和1例 G114V遗传库贾氏症(G114V)三种传染性海绵状脑病人）以及3例正常人的脑皮质组织和小脑组织进行蛋白质组学检测。

样本经过酶解、SCX强阳离子交换色谱分级、标记等一系列前处理之后，通过8标（3V5）iTRAQ相对定量质谱技术，对各个分组中的蛋白进行定性和相对的定量。

(图片来自网络)

结果显示，质谱共鉴定到2287种蛋白。在皮质样本中，正常人与三种病人之间表达有差异（1.2倍以上）的蛋白基本都有1000多个，其中三种病人共有的差异表达蛋白有312个，约占总鉴定蛋白数的14%。而在小脑样本中，朊病毒脑病中差异蛋白有729个，所占总蛋白比例大约为32%。

这就是本文唯一的实验。一个简单的、朴素的蛋白质质谱探索。

而下面的分析，更加简单直接。只有一个基本的GO分析和KEGG分析。。。意外不意外？惊喜不惊喜？

GO都分析了什么呢？大家都知道，GO是从生物过程、分子功能、细胞组分三个层面对蛋白质进行初步的注释和分析。而KEGG能告诉我们，差异蛋白与哪些通路有关。

这篇文章也并没有用GO和KEGG分析出什么新大陆，只是老老实实地做了一系列数据挖掘并绘制蛋白表达图谱。通过GO分析发现在三种疾病中，被显著影响的物种生物学功能是完全一致的。而KEGG的分析则发现，无论是小脑还是皮质，都有一些通路是在三种疾病中均有显著改变的。比如一些关联帕金森症、阿尔兹海默症的通路，以及跟氧化磷酸化、蛋白运输密切相关的信号通路。

在蛋白质组学技术的帮助下，作者成功的探索了整脑蛋白质表达的情况，对于之后确定朊病毒相关疾病的biomarker和治疗靶标都有非常重大的意义。

总结一下，整片文章就是iTRAQ + GO/KEGG分析！这这这，不就是我们最最最常规的蛋白质组学研究？居然能发5分+？

原因不外乎两点：1. 用了罕见的样本（样本用量其实大，就5例病人，亚型每种仅1例）；2. 解决了一个有意义的临床问题。所以对于一些少见的病或者一些不太容易取到的组织样本，运用蛋白质组学就能做出好的科研。临床医生做什么科研难吗？这些临床问题这些病人临床医生（特别是中国的临床医生）在日常工作并不少碰到，只要留心，就能做好科研，而且是有意义的科研。

至于经费，小算盘一划拉：八个样本的定量蛋白质组学iTraq加生信分析也就五六万能搞定，如果遇到促销，比如….

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