(1)多肽中如果含有高比例的疏水性很强的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp,多肽很难溶解与水性溶液中或根本不可能溶解。这些氨基酸无论是纯化或合成,都有可能有问题。
(2)一般情况下疏水性氨基酸的比例<50%,不能连续5个连续aa为疏水性,带电荷的氨基酸的(正电荷K,R,H,N-terminus,负电荷D,E,C- terminus)的比例达到20%,在多肽的N或C短如果能增加极性氨基酸,也可以改善溶解性。
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