自定义基因芯片根据研究需要任意挑选SNP、甲基化（CpG岛）、基因位点进行基因分型、甲基化水平、基因表达水平研究，其研究对象可以是各种物种，包含疾病，遗传学，功能基因组研究等。

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Infinium全基因组SNP分型

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利用白血病基因表达PCR芯片研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测白血病的发生和发展相关的基因表达。

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人非编码RNA靶标ChIP-chip芯片,人染色质免疫共沉淀非编码RNA靶标芯片Human ChIP-chip 385K Non-Coding RNA Targeted Tiling Array

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人染色体CGH芯片14号染色体,人CGH染色体芯片Human CGH 385K Chromosome 14 Tiling Array 

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棉花全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA 和TIGR Gene Indices等知名数据库，代表了43,803个棉花基因和转录本。

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illumina公司的全基因组分型芯片为研究者提供了一个广谱的全基因组范围的疾病研究工具。

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Human610-quad在一张芯片上可平行进行4个样品的检测，显著的增加了样本输出信息量，减少了实验操作中的误差。Human610-quad广泛的采用了HumanHap550芯片的内容，以及额外增加了60000个遗传标记。Human610

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ncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点

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